Всё нашёл кроме шахты Гуалваки, был на координатах которые указаны в квесте. Также пробегал чел и говорит, что у него такая же проблема.
Побегай там, перезайди, возможно координаты чутка другие. (Очисти инвентарь если он заполнен, тоже может изза этого не отмечаться)